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中期大乘思想是圍繞著阿賴耶識在講的。《大日經》云: 如彼往昔如是修行者, 觀察蘊阿賴耶, 知自性如幻陽焰影響旋火輪乾闥婆城。

這是說佛以前的修行者, 都會觀察阿賴耶識。《大日經疏》解釋道: 然阿賴耶有三種義, 一者分別義, 二者因緣義, 三者真實義。如《大乘莊嚴論》<求真實偈>中以"離二及迷依, 無說無戲論"故, 應知三性俱真實。

這是說觀察阿賴耶識, 可以獲得三種真理, 正如<求真實偈>中前二句所說的一樣。

<求真實偈>整偈全文為:

離二及迷依, 無說無戲論;
三應及二淨, 二淨三譬顯。

依據前二句可以得知, 分別性, 依他性, 真實性等三性俱是真實。

何謂分別性? 即偈中'離二'所指。何謂依他性? 即偈中'迷依'所指。何謂真實性? 即偈中'無說無戲論'所指。

分別性真實指的是能取所取畢竟無; 在畢竟空中，一切能取所取皆空，故樂而無所樂，照而無能照，如此方為究竟。觀察阿賴耶識所取以及能取的特性後, 進而了解所取能取畢竟還是空的, 這便是分別性真實。

《大日經疏》說, 如幻師依咒術力變木石等以為迷因, 如是虛分別依他性亦爾, 起種種分別為顛倒因。

這是說阿賴耶識有類似咒術力的效果, 讓人以為變出來的東西是真的。這就是它的依他性真實。依他性是說阿賴耶識裡面藏有各種事物的概念; 譬如, 時間, 車子, 父母等等, 而這些概念是其他動物沒有的, 或者每個民族的概念也不盡相同, 這都是透過人類見聞覺知慢慢熏習而成, 實際上並不存在。(也因此一般認為唯識學說是純粹的唯心論)

《大日經疏》解釋真實性則說, 若人了彼幻事無體, 即得木等實境; 若諸菩薩了彼二迷無體, 得轉依時, 即得真實性義也。

所謂'轉依', 便是藉著佛法的觀行, 從雜染趨向純淨, 從偏見趨向圓明, 達到本質的徹底轉變。

觀察阿賴耶識的三個真實性, 可以了知自性如幻。

最後還有一個重點: 譬如強幻王, 令餘幻王退; 如是清淨法, 能令染法盡。

就算是人空法也空, 都不應放在心上, 才能算是真的入於法空, 悟解唯識之性。